W Górsku, niedaleko Torunia samochód, w którym jechał, zatrzymują trzej esbecy - oficerowie IV Departamentu MSW. Kapelan zostaje pobity, związany i wrzucony do bagażnika. Esbecy obezwładniają też Waldemara Chrostowskiego, kierowcę i ochroniarza księdza. W okolicach Przysieka Chrostowski wyskakuje z samochodu. Dociera do Torunia i o tym, co się stało informuje proboszcza parafii Najświętszej Marii Panny. Ten zawiadamia milicję o porwaniu duszpasterza.
Tymczasem samochód z ks. Popiełuszką i trzema esbekami zatrzymuje się na parkingu przed hotelem "Kosmos". Księdzu udaje się uwolnić i uciec z bagażnika. Nie uchodzi daleko. Wedle oficjalnej wersji wkrótce zmaltretowane ciało duchownego sprawcy wrzucają do Zalewu Włocławskiego.
30 października z Wisły koło tamy wyłowiono zwłoki, które zidentyfikowano jako zwłoki ks. Jerzego.
Dr Tomasz Chinciński w "Biuletynie IPN" z 2004 r. pisał: "O godzinie 17.00 przystąpiono do wydobywania zwłok mężczyzny przy użyciu płetwonurków. Jak wynika z oświadczenia płetwonurka Krzysztofa Mańko ubrane były w sutannę, zwrócone twarzą w kierunku jazu, z obciążeniem nóg".
W specjalnym portalu IPN, poświęconym ks. Popiełuszce (www.popieluszko.pl) czytamy: "Ciało księdza było okaleczone do tego stopnia, iż z trudem udało się dokonać identyfikacji - dlaczego posunięto się do takiego okrucieństwa? Czy, jak chce historyk Jacek T. Żurek, po to, by przerazić Polaków niegodzących się do końca z obcym im systemem?
Ksiądz miał zmiażdżony język: "Nie będzie szczekał", jak powiedział któryś z esbeków. Czy może chodziło bardziej o pewnego rodzaju symbol - zabicie księdza jako tego, który głosił prawdę - zabicie prawdy?
Tego bez "procesowego" odkrycia zarówno zleceniodawców mordu, jak i jego faktycznego przebiegu nigdy się nie dowiemy. Przewóz ciała księdza z Białegostoku (gdzie dokonano sekcji zwłok) na miejsce wiecznego odpoczynku przy kościele św. Stanisława Kostki w Warszawie stał się wielką manifestacją wiary i jedności. 3 listopada odbył się uroczysty pogrzeb ks. Jerzego. Mszę odprawiono w zupełnej ciszy".
Ks. Jerzy Popiełuszko spoczął w swojej parafii na Żoliborzu. Kapłana męczennika żegnały setki tysięcy osób.
27 grudnia 1984 r. przed Sądem Wojewódzkim w Toruniu rozpoczął się proces przeciwko Grzegorzowi Piotrowskiemu, Leszkowi Pękali i Waldemarowi Chmielewskiemu oraz ich przełożonemu, zastępcy dyrektora IV departamentu płk. Adamowi Pietruszce.
Proces zakończył się wyrokami skazującymi. G. Piotrowski i A. Pietruszka dostali po 25 lat pozbawienia wolności, L. Pękala - 15, a W. Chmielewski - 14 lat. Wszyscy skazani wyszli na wolność przed upływem kary. Pękala opuścił więzienie po 5 latach, Chmielewski po 8, Pietruszka po 10, a Piotrowski po 16 latach.
Od kilku lat własne śledztwo prowadzi IPN. Czy poznamy prawdę? Czy w końcu będziemy wiedzieć, kto wydał rozkaz zabicia ks. Jerzego?
