Nie brakuje wątpliwości dotyczących czeskiego pilota kpt. Eduarda Prchala (tylko on się uratował). Przesłuchiwany nie potrafił wytłumaczyć, jak to się stało, że wyłowiono go z morza w kamizelce ratunkowej.

Komu mogło zależeć na śmierci premiera polskiego rządu na uchodźstwie? Zwolennicy teorii innych od oficjalnej mówią, że Anglikom, Rosjanom, a także Polakom – przedstawicielom kół opozycyjnych wobec premiera.
W 2008 r. IPN wszczął własne śledztwo; początkowo było prowadzone w Katowicach, potem przeniesiono je do Warszawy. Wtedy prokuratorzy uznali, że są przesłanki do postawienia hipotezy, iż Sikorski zginął w wyniku spisku.

Wersji – nawet najbardziej nieprawdopodobnych – dotyczących tragedii jest wiele. Dariusz Baliszewski, historyk, twierdzi, że gen. Sikorskiego i towarzyszące mu osoby zabito w pałacu gubernatora Gibraltaru, a na pokład „Liberatora” wniesiono trupy.

- Zebrany w toku śledztwa materiał dowodowy nie pozwala na potwierdzenie wersji o zdarzeniu przestępczym, w wyniku którego zginął generał Sikorski - mówi "Pomorskiej" prokurator IPN.