Zawarte w cebuli fruktany mogą wywoływać problemy trawienne. U osób szczególnie wrażliwych, nawet spożycie małej ilości warzywa może spowodować wzdęcia, bóle brzucha, biegunkę, czy zaparcia.

Zazwyczaj nieprzyjemne dolegliwości pojawiają się po zjedzeniu cebuli smażonej lub surowej.

Cebula jest również szkodliwa dla zwierząt domowych. Nie powinny jej spożywać psy i koty.