Reforma weszła w życie 1 stycznia 1999 i wprowadziła trzystopniową strukturę podziału terytorialnego. Oprócz województw i istniejących od 1990 roku gmin wprowadzono także powiaty ziemskie i miasta na prawach powiatu nazywanych powiatami grodzkimi. W grupie miast na prawach powiatu znalazła się m.in. większość byłych stolic województw, m.in. Włocławek.
Reforma administracyjna zastąpiła także 49 dotychczasowych województw 16 nowymi. W dwóch przypadkach w kraju - województwie kujawsko-pomorskim i lubuskim - rozdzielono siedziby wojewodów i sejmików województw. W Toruniu funkcjonuje Kujawsko-Pomorski Urząd Marszałkowski, natomiast w Bydgoszczy Kujawsko-Pomorski Urząd Wojewódzki. Organami samorządu województwa są sejmik oraz zarząd województwa z marszałkiem na czele.
Zgodnie z dość powszechną wśród włocławian opinią, utrata statusu miasta wojewódzkiego była dla Włocławka bardzo niekorzystna. Niemal wszystkie wojewódzkie instytucje, wbrew wcześniejszym obietnicom, rozdzielone zostały pomiędzy Bydgoszcz i Toruń, ostatnio głośno mówi się o zamiarze zlikwidowania włocławskiej delegatury Urzędu Wojewódzkiego.
