19 maja 1809 r. skromny patrol złożony ze szwoleżerów cesarskich wkroczył do centrum. Nieliczna gwardia miejska nie miała zamiaru stawiać oporu i bez wzywania oddała broń. Jej dowódca - prefekt Antoni Gliszczyński i jego prawa ręka Onufry Lipiński uciekli przedtem z miasta zostawiając swych podkomendnych. W tej sytuacji bydgoszczanie, wśród których przeważali Niemcy, nie mieli ochoty na stawianie oporu Austriakom. Wielu z nich, jak Fryderyk Hantelmann, prokurator królewski przy trybunale cywilnym departamentu bydgoskiego, głośno wyrażało sympatie dla najeźdźców.
Wieczorem zjawił się mjr Civrani na czele szwadronu szwoleżerów cesarskich i dwóch kompanii strzelców siedmiogrodzko-wołoskich. Dowódca zażądał od mieszczan zaspokojenia potrzeb swoich żołnierzy i ostrzegł przed wzniecaniem burd. Nałożył na departament bydgoski kontrybucję w wysokości 3 tysięcy talarów. Kilku polskich urzędników wziął jako zakładników.
Bydgoszczanie - nawet ci niemieckiego pochodzenia - nie spieszyli się z usługami na rzecz okupantów. Wszyscy zdawali sobie sprawę, że o losie miasta zadecydują wkrotce wydarzenia nad Dunajem i w Galicji. W tym czasie Napoleon, walczący z tzw. V koalicją, zatakował Austrię i zdobył Wiedeń. Jednak wojska cesarza Franciszka I ruszyły równocześnie na istniejące od dwóch lat Księstwo Warszawskie i doszli aż pod Toruń.
W czasie oblężenia twierdzy dowódca 30-tysięcznego korpusu arcyksiążę Ferdynand Deeste wysłał podjazd, aby opanował sąsiednią Bydgoszcz i przywiózł stamtąd zaopatrzenie. Jednak jeszcze tego samego dnia arcyksiążę zdał sobie sprawę, że jego wyprawa na północ była błędem. Podczas gdy próbował z marnym skutkiem zająć Toruń, armia Księstawa Warszawskiego wkraczała po kolei do Sandomierza, Lwowa, Lublina i kierowała się na Kraków. Wtedy Austriacy zdecydowali się zostawić Toruń i ruszyć w pościg.
Już 20 maja major Civrani opuścił Bydgoszcz. Zamiast 3 tysięcy zabrał jedynie 150 talarów kontrybucji i zwolnił zakładników. Wkrótce do miasta powrócił i przejął władzę prefekt Gliszczyński.
Losy Księstwa Warszawskiego i Bydgoszczy na kilka lat rozstrzygnęły się 9 lipca 1809 r. pod miasteczkiem Wagram nad Dunajem, gdzie Napoleon kolejny raz pokonał Austriaków. Jednak trzy lata później cesarz Francuzów sam został pobity w Rosji, a Bydgoszcz na krótko dostała się w ręce Rosjan. Księstwo Warszawskie zniknęło z mapy.
