Pogoń powstała 23 maja 1923 roku z połączenia dwóch innych klubów: Wanda i Polonia Mogilno. Pierwszym prezesem Pogoni był Stanisław Hęćka z Trzemeszna. W 1940 roku zginął w Katyniu. Po drugiej wojnie światowej klub kilka razy zmieniał nazwę. Przez siedem lat był Gwardią, potem na krótko Spójnią i Spartą. W 1957 roku klub powrócił do swojej starej nazwy.