Zamachu na Jana Pawła II dokonał turecki zamachowiec Mehmet Ali Agca. Postrzelił papieża w brzuch oraz rękę. Jak ustalili śledczy, chwilę wcześniej Ali Ağca mierzył w głowę Jana Pawła II. Jan Paweł II schylił się wtedy do małej dziewczynki Sary Bartoli, by wziąć ją na ręce. Ranny papież osunął się w ramiona stojącego za nim sekretarza Stanisława Dziwisza. Operacja po postrzale trwała sześć godzin. Do pełni zdrowia jednak nigdy nie wrócił.
Rok po zamachu papież udał się do Fatimy, aby złożyć Matce Boskiej hołd i podziękować za ocalenie mu życia. Pocisk, którym papież został postrzelony, został - jako wotum - umieszczony wewnątrz korony figury Matki Bożej Fatimskiej. 13 maja 1982, podczas nabożeństwa, niezrównoważony mężczyzna Juan María Fernández y Krohn lekko ugodził papieża nożem. Ochrona szybko obezwładniła napastnika, a papież dokończył nabożeństwo pomimo krwawienia.
Zobacz także: Dziesiątki balonów pofrunęły dla papieża [zdjęcia]
Nie ma jednej, potwierdzonej wersji przyczyn zamachu. Mehmet Ali Ağca w trakcie śledztwa podawał wiele wzajemnie sprzecznych wersji. Jedną z nich był tzw. "ślad bułgarski", sugerujący udział w spisku służb specjalnych Ludowej Republiki Bułgarii działających na zlecenie władz ZSRR. Jednak w roku 1983 jeden z czołowych analityków CIA stwierdził, że nie ma solidnych dowodów na to, iż Rosjanie lub Bułgarzy brali udział w spisku.
