MUKS CWZS Bydgoszcz to bardzo młody klub, który liczy sobie niespełna 2 lata. Został założony latem 2016 roku. Wtedy zespół seniorów Zawiszy Bydgoszcz nie przystąpił do żadnych rozgrywek. Spółka WKS Zawisza Bydgoszcz, której właścicielem był Radosław Osuch, zarządzająca zespołami była w rozpadzie. Rafał Bruski, prezydent Bydgoszcz, zwrócił się do Osucha o przekazanie drużyn młodzieżowych do Cywilno-Wojskowego Związku Sportowego Zawisza Bydgoszcz. Tak też się stało.
W oparciu o szkoły współpracujące z CWZS Zawisza Bydgoszcz powstał Międzyszkolny Uczniowski Klub Sportowy, który znalazł się w strukturach CWZS. Nie może on używać nazwy Zawisza, ponieważ jeśli chodzi o piłkę nożną, to prawa do niego ma Stowarzyszenie Piłkarskie Zawisza, które jest w konflikcie z CWZS Zawisza i prezydentem Bruskim.
MUKS CWZS już w pierwszym roku działalności zanotował sukces jakim była walka o awans zespołu do CLJ 19. Niestety, bydgoszczanie w barażach przegrali z Podbeskidziem Bielsko-Biała.
W tym samym sezonie zespół do lat 17 walczył w Lidze Makroregionalnej Juniorów Młodszych, ale nie udało się mu wywalczyć awansu do turnieju finałowego.
W obecnym sezonie MUKS CWZS był reprezentowany przez dwa zespoły do lat 17 i do lat 15. Ten pierwszy z CLJ pożegnał się już jesienią. Drugi walczył przez obie rundy. W jesiennej wiodło mu się całkiem nieźle. Jednak wiosna była dużo słabsza, a jej wynikiem jest spadek. Złożyło się na to wiele przyczyn, choćby kontuzje zawodników.
Jednak młodzi bydgoszczanie ambitnie walczyli do końca o zachowanie bytu. Aby zachować szansę musieli pokonać Gryfa Wejherowo. Do przerwy przegrywali 1:2, potem wygrywali 3:2, by trzecią bramkę stracić w końcówce. To właśnie ona zdecydowała o spadku. Po ostatnim gwizdku na twarzach młodych piłkarzy pojawiły się łzy.
- Na tym meczu nie kończy się wasza przygoda z piłką - pocieszał swoich zawodników trener Łukasz Jankowski. - Wszystko zależy od tego jak będziecie w przyszłości pracować. Teraz jest gorycz porażki, ale wszystko jest jeszcze przed wami. Nie możecie się załamywać, że coś nie wyszło. Niech to będzie dla was motywacją do dalszej pracy - dodawał szkoleniowiec, który kilka tygodni wcześniej zastąpił Roberta Tomczaka.
Trenerzy MUKS CWZS są przekonani, że inne klubowe zespoły pójdą tą samą drogą i przygoda z Centralną Ligą Juniorów będzie trwała w kolejnych sezonach. Zespół do lat 17 prowadzony przez Macieja Kremblewskiego już wygrał rozgrywki w lidze Kujawsko-Pomorskiego ZPN i będzie walczył w barażu o prawo gry w CLJ. Oby z sukcesem.