Kamień węgielny pod budowę synagogi położono 123 lata temu. Wmurowano specjalną skrzynkę, która zawierała m.in. kronikę kahalną, kilka gazet, aktualne notowania giełdowe i monety niemieckie. Autorem projektu budowli był Alfred Muttray.
Pierwsze nabożeństwa odprawiono w niej w 1884 roku. Na pewno wielu Żydów nie brało w nich udziału, bo w tym czasie wielu ich nie mieszkało w Bydgoszczy. Z danych pierwszego powszechnego spisu statystycznego z września 1921 roku wynika, że w grodzie nad Brdą zamieszkiwało 745 Żydów, a w powiecie bydgoskim następnych 182. Populacja systematycznie rosła. W 1939 roku osiągnęła już ponad dwa tysiące osób.
Budynek synagogi był solidny i dość obszerny. Zbudowano go z czerwonej cegły. Zdobiły go trzy kopuły, na szczycie których znajdowały się gwiazdy Dawida. Wejście było od ulicy Jana Kazimierza. Po kilku stopniach dochodziło się do szerokich, podwójnych drzwi. W środku zawsze panował półmrok. Na wprost wejścia znajdowała się bima, czyli miejsce czytania Tory. Przed nim stał ołtarz, na nim zamknięta księga i dwa niezwykle wysokie siedmioramienne świeczniki.
Bożnicę zaczęto rozbierać na przełomie 1939/40 roku. Niektórzy twierdzą, że robili to sami Żydzi. Jednak bardziej prawdopodobne jest to, że Niemcy zatrudnili do tego celu jakąś firmę budowlaną. 14 września 1939 roku na łamach "Deutsche Rundschau" ogłosili przetarg na rozbiórkę synagogi i innych budynków należących do gminy żydowskiej. Przetarg wygrał Herbert Matthes, właściciel fabryki mebli przy ul. Garbary. Po kilku tygodniach po budwli nie było już śladu.
