Najbardziej efektowny był jednak ostatni etap prac, które były możliwe dzięki programowi "Toruńska Starówka”. Instytucje miejskie i kościelne pozyskały na niego blisko 19 mln unijnego wsparcia. Dzięki zdobytym pieniądzom wnętrze katedry zmieniło się diametralnie: - Udało się m.in. odsłonić oryginalny wygląd sklepień, które były zamalowane - mówi ks. Rumiński. - Odnowiliśmy ołtarze. Pod jednym z nich udało się odkryć fresk o dużej wartości historycznej, przedstawiający scenę ukrzyżowania. Odsłonięto wiele fantastycznych detali architektonicznych. Kompleksową renowację przeszły też romantyczne organy, które zabrzmią nowym dźwiękiem.