Mario Goetze do największego przeciwnika Borussii trafił w 2013 roku za 37 milionów euro. W Bayernie nie spełnił pokładanych w nim oczekiwań. Pep Guardiola przeważnie nie widział go w wyjściowym składzie i Goetze musiał zadowolić się rolą zmiennika. Jego umowa z Bayernem wygasała w czerwcu 2017 roku, dlatego władze BVB musiały zapłacić sumę odstępnego.
Przed odejściem do Bayernu Goetze rozegrał dla Borussii 116 oficjalnych spotkań, w których zdobył 31 goli.