Niegdyś był on kościołem franciszkańskim. Obecnie jest filialny w parafii Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny.
Położony w zachodniej części starego miasta kościół, sąsiaduje z Zespołem Szkół Ogólnokształcących nr 1. A dokładnie znajduje się na boisku szkolnym. Kościół zbudowano dla sprowadzonego tu w 1258 roku zakonu franciszkańskiego, w rękach którego pozostawał do jego kasaty w 1806 roku.
W 1739 roku wykonano w kościele malowidła ścienne, a w 1751 - dobudowano kaplicę, która nie przetrwała do czasów współczesnych. Na początku lat 20-tych XIX w. przekazano kościół Zgromadzeniu Sióstr Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo, gimnazjalnym stał się w 1859 roku. Wkrótce zyskał on neogotycki wystój - z ołtarzem, chórem i amboną.
W 2006 roku, podczas prac renowacyjnych, w prezbiterium odkryto tu polichromie pochodzące z przełomu XV i XVI w. Freski przedstawiają Chrystusa, Maryję oraz - na ścianie północnej - grupę ukrzyżowania i postaci świętych, m.in. patronów kościoła. Franciszkanie byli w tym kościele od 1256 do 1806 roku. Mieli w zwyczaju wzbogacać ściany polichromiami. Identyczne freski są w Kościele Mariackim w Toruniu. Tego typu dzieła wpisywały się w model pobożności promowany przez franciszkanów - malowidła miały upowszechniać, głównie wśród mieszczan, współodczuwanie cierpień, jakich doznali Chrystus i Maryja.
