STEFAN GUZEK - trenerski weteran objął zespół w przed sezonem 2006/07. Jednak przygoda była krótka i październiku 2006 niebiesko-czarnych prowadzili już nowi szkoleniowcy

ZBIGNIEW WOJTOWICZ I PIOTR FIUTAK - prowadzili Zawiszę od października 2006 do kwietnia 2007 roku

PIOTR TWOREK - objął Zawiszę 11 kwietnia 2007 roku. W tym sezonie bydgoszczanie zajęli dopiero ósme miejsce. Jednak w kolejnym sezonie niebiesko-czarni pod jego wodzą wygrali IV ligę kujawsko-pomorską i zapewnili sobie grę w barażach o II ligę. W dwumeczu okazali się lepsi od LZS Leśnica. Po 10 latach bydgoszczanie znowu zagrali na szczeblu centralnym. Tworek potem prowadził zespół w II lidze, ale został zwolniony w 15 marca 2009 roku. Zastąpił go Mariusz Kuras. Potem Tworek przez wiele lat był asystentem w kilku klubach. Ostatnio prowadzi Wartę Poznań, z którą awansował do Ekstraklasy.

MARIUSZ KURAS - prowadził Zawiszę od marca 2009 roku do końca sezou 2009/10. Pod jego wodzą niebiesko-czarni zajęli odpowiednio siódme i czwarte miejsce. Nie wywalczył awansu, więc nie przedłużono z nim kontraktu.