Po ostatniej mszy, którą odprawiono 8 stycznia 1940 r. Najświętszy Sakrament przeniesiono do kościoła farnego. Tam również trafiły ołtarze boczne: Najświętszego Serca Pana Jezusa i Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny (z obrazem M. A. Piotrowskiego). Z kolei do kościoła św. Wincentego a’ Paulo przeniesiono ołtarze św. Wojciecha i św. Józefa oraz tabernakulum.

Decyzję Niemców o zburzeniu świątyni przyspieszyła reakcja bydgoszczan na wieść o „nieusuwalnym śladzie dłoni na murze”. 9 i 10 września 1939 r. pod murami kościoła i sąsiadującego z nim gmachem Muzeum Miejskiego Niemcy rozstrzelali kilkudziesięciu bydgoszczan, wśród których byli także duchowni. Upadając, jeden z księży oparł się o ścianę i zostawił ślad dłoni na murze.

Do zburzenia świątyni zatrudnieni zostali bezrobotni Polacy.

Prace trwały kilka miesięcy i ostatecznie zakończyły się w październiku 1940 r.