Po prawie 200 latach zakonnicy powrócili do miasta, z którym wcześniej związani byli od XIII wieku. Wówczas inowrocławski klasztor była trzecim w Polsce, po Wrocławiu i Krakowie. Miejscowy konwent ufundował książę kujawski Kazimierz.
Jak przypominają historycy, franciszkanie brali czynny udział w organizowaniu miasta i kształceniu jego mieszkańców. Byli również doradcami księcia, także w sprawach politycznych. Ich klasztor znajdował się przy obecnym placu Klasztornym. Upamiętnia to stojąca tam, odlana z brązu, makieta zabudowań franciszkańskich. Pojawiła się na placu w 2012 roku, z inicjatywy władz miasta.
Franciszkanie musieli opuścić Inowrocław w 1819 roku, na podstawie dekretu króla pruskiego Fryderyka Wilhelma III.
Przeniesiono ich do klasztoru w Gnieźnie. Ostatnim inowrocławskim gwardianem zakonu był o. Kajetan Kisielewski, który zmarł w 1837 r. w Gnieźnie.
Od minionej soboty franciszkanie znów są w Inowrocławiu. Ich siedzibą jest kościół Świętego Krzyża, który stoi zaledwie kilkadziesiąt metrów od dawnego klasztoru. Proboszczem parafii jest o. Daniel Pliszka, który do Inowrocławia przybył z Olsztyna.
W uroczystym wprowadzeniu zakonników obok prymasa Wojciecha Polaka uczestniczył też o. Jan Maciejewski, prowincjał franciszkanów, który mówił do parafian i oficjalnych gości: - Nie mamy srebra, ani złota. Przychodzimy z orędziem Ewangelii, z posłuszeństwem Kościołowi, z franciszkańską prostotą i radością, aby Wam służyć, aby być dla Was, aby razem z Wami zmierzać do Królestwa Bożego, aby razem z Wami dzielić radości i bóle.