Najstarszym i najokazalszym zabytkiem Bydgoszczy jest późnogotycki kościół farny pw. św. Marcina i Mikołaja, od 2004 r. katedra. Wzniesiono go w latach 1425 – 1466 z wykorzystaniem fragmentu wcześniejszej murowanej świątyni strawionej pożarem. W latach 1466–1502 prowadzono prace wykończeniowe i upiększające. Na przełomie XV i XVI w. podwyższono dachy, a od południa dobudowano masywną wieżę

W wieży bydgoskiej katedry znajdują się dzwony przywiezione z Kamieńca Podolskiego, kresowego miasta RP (dziś w granicach Ukrainy). Pierwszy z dzwonów odlano w 1641 r. dla tamtejszej katedry, drugi w 1737 dla kościoła Dominikanów. Starszy dzwon został uwieczniony w powieści Henryka Sienkiewicza „Pan Wołodyjowski” jako bijący na alarm, gdy w 1672 r. do miasta i zamku podeszły wojska tureckie. Kamieniec ostatecznie poddał się. Dzwony znalazły się w mieście nad Brdą w 1923 r. na mocy traktatu ryskiego

Świątynia pw. Wniebowzięcia NMP w centrum Bydgoszczy nazywana jest kościołem Klarysek, bo też należała do tego żeńskiego zgromadzenia zakonnego przybyłego nad Brdę w 1615 r. Od połowy XV w. tym miejscu stał kościół św. Ducha, św. Wojciecha, św. Klary i św. Barbary. Nową murowaną konstrukcję zaczęto wznosić w 1582 r. niejako dobudowując ją do starego prezbiterium, które było kościołem św. Ducha. W latach 40. XVII stulecia wzniesiono wyposażoną w otwory strzelnicze masywną wieżę. Zwieńczono ją barokowym hełmem, zrekonstruowanym w 1901 r.

Kościół pobernardyński NMP Królowej Pokoju w Bydgoszczy jest siedzibą parafii wojskowej (obecnie należącą do dekanatu Inspektoratu Wsparcia Sił Zbrojnych Ordynariatu Polowego Wojska Polskiego, toteż nazywany jest Garnizonowym. Gotycko – renesansowy kościół stanął na miejscu wcześniejszego, ukończonego w 1485 r., który spłonął. Nowy zaś zbudowano w latach 1552-1557 z funduszy Kościeleckich