W medycynie naturalnej wykorzystywany jest do leczenia chorób wątroby, zaburzeń trawienia, cukrzycy, chorób skóry oraz stanów zapalnych dróg moczowych.

Mniszek lekarski może być także stosowany na zewnętrzne rany i oparzenia, dzięki swoim właściwościom przeciwzapalnym i antybakteryjnym. W postaci okładów z naparu z mniszka lekarskiego pomaga w leczeniu odleżyn, trudno gojących się ran i stanów zapalnych skóry.