Najwcześniejszych danych historycznych o Lipnie jako ośrodku miejskim, dostarcza przywilej lokacyjny wydany w Bobrownikach 15 kwietnia 1349 r. przez Władysława, księcia Łęczyckiego i Dobrzyńskiego. Udzielając tego przywileju wójtowi Mikołajowi Rudnickiemu, książę wyraził się w sposób następujący: "Civitatem nostram Lippe vulgari nomine noncupatem" (Miasto nasze nazywane pospolicie Lippe). Z przytoczonej wypowiedzi wynika, że pierwotna nazwa miasta brzmiała Lippe, a jako osiedle musiało już wcześniej istnieć, skoro jego nazwa była powszechnie znana.
Książę wyliczając źródła dochodu wójta mówi o straganach, budynkach i placach już istniejących, jak i mających powstać. Miasto otrzymało 26 włók miary chełmińskiej, a wójt Mikołaj Rudnik 12 włók. Otrzymał również pozwolenie na czerpanie z zasobów i dochodów miasta.
W 1422 roku Lipno otrzymało od króla Władysława Jagiełły akt powtórnej lokacji. Akt ten powiększał obszar miasta o 60 łanów i miał na celu rozszerzenie uprawnień miejskich oraz przyspieszenie dalszego rozwoju Lipna. Wprowadzał nowe formy organizacji oraz wywierał istotny wpływ na sytuację społeczną mieszczan.
Przez wieki miasto przeżywało wzloty i upadki. Było w woj. płockim, warszawskim, pomorskim, bydgoskim. W 1975 r., w wyniku nowego podziału administracyjnego, znalazło się w woj. włocławskim tracąc status miasta powiatowego. Od 1 stycznia 1999 r. ponownie stało się siedzibą powiatu lipnowskiego.
