Muchówki - pryszczarek koperek i ostępka koperkolubka - na skutek żerowania larw na baldachach tworzą się kuliste narośla, które uniemożliwiają formowanie się nasion.

Zgorzel siewek marchwi i innych baldaszkowatych – choroba powodowana przez kilka gatunków grzybów. Może atakować koper
ogrodowy już w fazie kiełkowania nasion do 3 - 4 liści. Wcześnie porażone kiełki nie wydostają się na powierzchnię gleby. Porażone rośliny żółkną, więdną i szybko zamierają. Liście stopniowo brunatnieją, gniją i pokrywają się szarobrunatnym nalotem.

Mączniak prawdziwy baldaszkowatych - groźna choroba pochodzenia grzybowego. Powoduje biały, mączysty nalot na górnej stronie liści, baldachach i łodygach nasienników. Grzyb atakuje rośliny głównie w czasie suszy.

Zgnilizna twardzikowa - grzyb, który występuje najczęściej w okresie kwitnienia roślin. Pojawia się puszysty, biały nalot z ciemnoszarymi lub czarnymi grudkami. Zazwyczaj chorobie towarzyszą inne infekcje.