Więzienie znajdowało się także w podziemiach Ratusza Nowomiejskiego. Częściowo na jego fundamentach w XIX wieku stanął kościół św. Trójcy, czyli obecna siedziba Tumultu. Podziemia ratusza sięgały jednak dalej, zostały odsłonięte m.in. podczas wykopalisk pod koniec lat 80.

Podziemia toruńskich kościołów... To jest temat na osobną rozprawę. Oto zdjęcie z ostatnich wykopalisk w kościele św. Jakuba.

Z kościołem łączy się tajemnica zamurowanego przejścia, które znajduje się w piwnicy sąsiadującego z kościołem średniowiecznego szpitala.

Piwnica jest bardzo głęboka, przejście musiało prowadzić pod ulicą Szpitalną.