Obecny ogród botaniczny powstał jako "Arboretum" w 1930 r. Został częściowo zniszczony w czasie II wojny światowej. Jednak w 1946 roku odbudowano i powiększono jego teren, tworząc Miejski Ogród Botaniczny.

W 1977 roku przekształcono go w ogólnodostępny park miejski. W efekcie zaginęła część jego cenny rzeźb. Jednak w 1995 roku park uzyskał status kompleksowego pomnika przyrody i po przekazaniu do UKW odzyskał dawną
świetność. Obecnie w ogrodzie można podziwiać około 400 gatunków drzew i krzewów, aż 700 gatunków roślin zielnych, łuki kamienne, pergolę oraz odrestaurowane rzeźby "Jesieni"; i "Zimy", zegar słoneczny, a także wyjątkowy reliefowy plan
Bydgoszczy z 1930 roku.