Głównym zagrożeniem ze strony systemu transportowego, przede wszystkim drogowego, na terenie miasta jest generowanie hałasu oraz emisja gazów i pyłów. Istotne jest również zagrożenie wynikające z transportu materiałów niebezpiecznych.
Stan klimatu akustycznego na terenie miasta jest bardzo niepokojący i stanowi duże zagrożenie dla środowiska. Dopuszczalne poziomy hałasu prawie na wszystkich ulicach miasta są przekraczane. Do szczególnie uciążliwych ulic należą: Chopina, Okrzei, Toruńska (droga krajowa nr 1), Płocka, Kilińskiego, Stodólna, Brzeska, Kapitulna, Lipnowska, Wojska Polskiego, Kruszyńska, Warszawska.
Duży problem na terenie Włocławka stanowią także zanieczyszczenia pochodzące ze źródeł komunikacyjnych. W przypadku emisji komunikacyjnej źródła emisji znajdują się na wysokości kilkunastu bądź kilkudziesięciu centymetrów nad ziemią, co stanowi niekorzystne warunki rozprzestrzeniania się zanieczyszczeń. Wysoka szkodliwość emitowanych zanieczyszczeń pochodzi z emisji spalin.
WŁOCŁAWEK. Spaliny i hałas zagrażają miastu
(bas)

Dopuszczalne poziomy hałasu prawie na wszystkich ulicach Włocławka są obecnie przekraczane.