Parafia w Krotoszynach powstała w 1924 r., a dwa lata wcześniej, na rzecz miejscowych katolików, przekazano stare czworaki. Z biegiem czasu zmodernizowano tam okna, dobudowano wieżę i świątynia mogła gromadzić wiernych. Do czasu. Kilka lat temu komisja ekspertów budowlanych z diecezji toruńskiej nie miała wątpliwości co do stanu technicznego kościoła, a opinię tę przekazano ks. biskupowi Andrzejowi Suskiemu. Ordynariusz diecezji toruńskiej uznał, że nie ma sensu modernizować, remontować wydawać pieniądze.
Za budowę nowej świątyni wziął się proboszcz ks. Jerzy Szczepaniak, bydgoszczanin, który od kilkunastu lat sprawuje posługę kapłańską w Krotoszynach (gmina Biskupiec).
Pierwsza Pasterka - jeszcze przy oknach zasłoniętych folią - była już w 2005 r., a w Niedzielę Palmową kościół - po raz pierwszy po budowie - został oddany wiernym. Jeszcze brakuje posadzki, dobrego nagłośnienia i kilku witraży. To z czasem.
W oknach podziwiamy już cztery witraże, które wyszły spod ręki artystów: Elżbiety, Andrzeja i Bartłomieja Bednarskich z Rypina.
- Kościół powstał wyłącznie z ofiarności parafian za co im przy tej okazji serdecznie dziękuję - mówi ks. Jerzy Szczepaniak.
Parafia w Krotoszynach obejmuje mieszkańców trzech wsi: Czachówek,i Krotoszyn. Tamże znajdują się trzy szkoły, w których zajęcia z religii prowadzą kapłani z kościoła p.w. Trójcy Świętej.
Nie tylko z wieży kościelnej, ale prawie z każdego miejsca w Krotoszynach widać wieżę kościoła w Biskupcu, siedzibie gminy. Ale tam już jest diecezja elbląska.