Spożywanie pomidorów nie jest wskazane dla osób z częstymi zgagami, mającymi na nie alergię oraz dla kobiet karmiących piersią.

Aby skorzystać z szerokiej palety zdrowotnych właściwości pomidorów należy jeść je pod różnymi postaciami. Najcenniejszym składnikiem pomidora jest likopen, który znacznie lepiej przyswajalny jest gdy warzywo to zostanie poddane obróbce termicznej, np. pod postacią: zup, soków, sosów, ketchupu, przecierów, koncentratów.