Podczas pierwszego zaboru pruskiego w latach 1794-1806, władze miejskie Mogilna podjęły decyzję o zniesieniu obowiązującego przed rozbiorami zakazu zamieszkiwania Żydów.
Pierwsi Żydzi to rodzina Lewina
Pierwszym przedstawicielem tej narodowości była rodzina Lesera Lewina, która osiedliła się w 1790 r. Potem w 1797 r. osiedlił się ich syn Wolf Lewin oraz Mojżesz Arend. Z Inowrocławia przeniósł się chirurg, Joseph Hirsch. W 1806 r. w Mogilnie mieszkało już 16 przedstawicieli narodowości żydowskiej. W dziesięć lat później 33 obywateli tej narodowości, w 1910 r. mieszkało 148 Żydów.
Istniejąca od końca XVIII w. wspólnota żydowska, formalnie zaczęła istnieć od 25 sierpnia 1835 r. Jako gmina wyznaniowa, posiadała nieodzowną dla jej istnienia, strukturę, instytucje i stowarzyszenia. Sprawy administracyjne załatwiał zarząd gminy, który w 1908 r. tworzyli Izydor London, właściciel fabryki, jako przewodniczący, oraz kupcy, Dawid Drucker, Max Lewin, Mozes Arnheim i spedytor Bokhardt. Przychody gminy składały się z datków pieniężnych członków, opłat za stałe miejsce w bożnicy, wpływów nadzwyczajnych i dotacji państwowych, na przykład na koszty nadobowiązkowego nauczania religii w szkole ewangelickiej. W działalności charytatywnej i społecznej, wspierały gminę, stowarzyszenia jej wyznawców.
W 1872 r. powstało Stowarzyszenie Pielęgnowania Chorych, liczące w 1898 r. 15 członków. Pięć lat później powstało Towarzystwo Pogrzebowe, które w 1898 r. zrzeszało 13 osób. W 1894 r. założono Stowarzyszenie Kobiet Żydowskich, do którego należało w 1898 r. 25 niewiast.
Świątynia wspólnoty judaistycznej
Dla niewielkiej wspólnoty wystarczający był dom modlitwy (Bethaus), mieszczący się w istniejącym do dziś budynku przy ulicy Kościuszki 26. Nie było stałego duchownego. W celu prowadzenia modlitw, rabin dojeżdżał z Inowrocławia. Pierwszym stałym duchownym wspólnoty był rabin z Węgier, Herman Singer. W 1902 r. przebudowano drewnianą pierwotnie świątynię i przy ulicy Sądowej powstała prawdziwa synagoga.
Społeczność żydowska troszczyła się o jej zewnętrzny i wewnętrzny wygląd. W 1937 r. przeprowadzono generalny remont. W dniu 18 września 1939 r. okupanci niemieccy wrzucili przez okna granaty, mordując bestialsko 16 mogileńskich Żydów, w tym sześcioro dzieci. Budynek uległ spaleniu.
Niemcy chodnik zbudowali z macew
W 1830 r. władze miasta przydzieliły wspólnocie obszar ziemi przeznaczony na cmentarz. Znajdował się obok cmentarza ewangelickiego, zlokalizowany przy ulicy Mickiewicza i istniał tam do II wojny światowej. W 1940 r. okupanci niemieccy zlikwidowali cmentarz. Nagrobki rozebrano, a teren zniwelowano. Macew i płyt z grobów, użyto do układania chodników. W 1982 r. teren objęto planem zabudowy miasta i w 1983 r. zbudowano tam patronacki blok mieszkalny.
