Powstanie III RP przyniosło poważne zmiany systemowe - zmienił się ustrój gospodarczy. W nowej rzeczywistości narodziła się wolna prasa. Do tego trzeba było jeszcze likwidacji peerelowskiego prasowego potentata - wydawnictwa RSW „Prasa-Książka-Ruch”. Gdy padł, przed „Pomorską” pojawiła się niebywała szansa stworzenia dziennika w pełni niezależnego, wolnego od nacisków jednego ugrupowania. Taką drogę zaakceptowała większość ówczesnego zespołu.
Po euforii i zachłyśnięciu się wolnością przyszedł czas walki o utrzymanie niezależności i pozostanie na rynku. Wtedy taką szansę dawała, powołana przez członków redakcji, Spółdzielnia Pracy Dziennikarzy i Wydawców.

Dziś „Pomorska” to bydgoska centrala i sześć oddziałów - we Włocławku, Inowrocławiu, Toruniu, Grudziądzu i Chojnicach. Średni nakład wynosi ponad 50 tys. egzemplarzy. To przede wszystkim rzesze wiernych Czytelników, którzy obdarzają gazetą zaufaniem, powierzają dziennikarzom swoje troski i radości, problemy małe i wielkie, i którzy dzień zaczynają od lektury swojego ulubionego tytułu.
W 2006 r. nastąpiła zmiana właściciela - staliśmy się częścią Grupy Mecom.W tym roku weszliśmy w skład Grupy Polskapresse.
Gazeta każdego roku patronuje miejskim i wojewódzkim imprezom, sama organizuje wiele konkursów i plebiscytów. Najstarszy jest plebiscyt na „Najlepszego Sportowca Kujaw i Pomorza” oraz ranking na najlepszą firmę w regionie „Złota setka Kujaw i Pomorza”. Ukazują się specjalne dodatki dla prenumeratorów - „Pasje”, „Pomorska Extra”, „7 dni świat”, „Życie w obrazkach”.

Przebojem lat 2000 stał się historyczny dodatek pt. „Album Bydgoski” (wychodzi od grudnia 2004, od trzech lat wychodzi także „Album Regionalny”). Ukazuje się też „Regiopraca”, „Regiodom”, „Regiomoto” i poradniki.
Redakcja organizuje wiele plebiscytów, m.in. Menadżer, Nasze Dobre z Kujaw i Pomorza, Kobieta Przedsiębiorcza, Najlepszy Listonosz, Nasz rolnik i sołtys, Sportowiec Roku, Mała Miss i Mister. Z innych redakcyjnych inicjatyw wymienić trzeba akcję „Oceń władzę”, „Biały i Sprawny Miś”.
Od ponad dekady „Gazeta Pomorska” ma swój portal internetowy (ogromny rozwój redakcji online przypada na ostatnie sześć lat). Dzięki sieci „Pomorską” można nie tylko czytać w internecie, ale także słuchać i oglądać.

Pierwszy wyłom stanowił „Polski Październik”. Bydgoszczanie, przejęci tragedią Węgrów, organizowali zbiórki leków, masowo oddawali krew. Pomoc bydgoszczan znajdowała odzwierciedlenie na łamach. Kolejny, znaczący rozdział przyniósł sierpień 1980 r. i prawie cały rok 1981 r. Dla regionu bodaj najważniejszy był marzec 1981 r. Dziennikarze „Pomorskiej” nie tylko opisywali to, co działo się 19 marca i w kolejnych dniach, ale również uczestniczyli w wydarzeniach, które na trwałe weszły do najnowszej historii Polski. Trzecie „ustrojowe tąpnięcie” było na tyle silne i - na szczęście - nieodwracalne, że nie tylko pogrzebało PRL, ale również partyjną prasę.
„Pomorska” wraz z lokalnymi wydaniami nie „trafiłaby pod strzechy”, gdyby zamieszczała tylko peany na cześć partii i elaboraty ze zjazdów czy obrad wszelakich instancji PZPR. I choć tego typu artykułów nie było mało, to gazeta pisała przede wszystkim o sprawach zwykłych ludzi.

Z jednej strony inflacja, rosnące bezrobocie, likwidacja wielkich zakładów pracy i pegeerów, coraz większa bieda, z drugiej - nowe tytuły prasowe. To wszystko sprawiało, że początek lat 90. był dla „Pomorskiej” czasem niezmiernie trudnym. Ubyło Czytelników, spadła liczba prenumeratorów. Wiadomym się stało, że bez inwestora z zewnątrz utrzymanie się na rynku będzie niemożliwe. Był jeszcze jeden warunek - szukaliśmy pomocy, ale takiej, która nie wiązałby się z ograniczeniem zdobytej suwerenności.
1 marca 1994 r. - ta data otwiera nowy rozdział „Pomorskiej”. Wtedy doszło do utworzenia spółki z norweskim koncernem Orkla; na czele „Gazety Pomorskiej Media” stanął prezes Marek Trzebiatowski. Następne lata to okres wielkich inwestycji; w drukarni przy ul Ołowianej 14 kwietnia 1995 r. z maszyny zeszły pierwsze egzemplarze w nowym formacie i nowej szacie graficznej (kolor). W tym samym roku redakcja (centrala i oddział bydgoski) przeniosła się do własnego gmachu przy ul. Zamoyskiego.
Swoistym fenomenem było to, że w czasach wielkiej konkurencji rósł nakład (druga połowa lat 90). W kraju byliśmy dziennikiem regionalnym numerem 1. Niezachwianą pozycję lidera prasy regionalnej utrzymujemy w prenumeracie; znaczna część nakładu sprzedawana jest właśnie w tej postaci. Z tytułu, który na początku lat 90. walczył o przetrwanie, stała się gazetą szanowaną, cytowaną i opiniotwórczą.
I taką, bez chwalenia się - nadal jesteśmy!