Kościół znajduje się na miejscu zbudowanej w 1251 roku drewnianej kolegiaty. Spłonęła ona w czasie najazdów Prusów w drugiej połowie XIII wieku. Z inicjatywy biskupa chełmińskiego Ottona (1323 - 1349) zbudowano świątynię murowaną, której pozostałości są widoczne w prezbiterium fary. Spłonęła ona doszczętnie w 1700 roku w czasie pożaru miasta i została odbudowana dzięki staraniom biskupa Teodora Potockiego.
Rozgłos wąbrzeskiej farze przyniósł obraz Maryi, pochodzący z początku XVII wieku. Od dawna był czczony w pobliskim Kowalewie, skąd w 1685 roku został przeniesiony do kościoła farnego. Umieszczono go w głównym ołtarzu. Od setek lat otoczony jest czcią wąbrzeźnian i licznie przybywających do Maryi pielgrzymów. Od pewnego czasu obraz Wąbrzeskiej Pani występuje pod nazwą Matki Bożej Brzemiennej.
- W przeddzień obchodzonego w naszej parafii 15 sierpnia odpustu Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny biskup Andrzej Suski ukoronuje wizerunek Matki Bożej koroną poświęconą przez papieża Jana Pawła II. Jego Świątobliwość dokonał tego aktu w czasie majowej pielgrzymki do Watykanu delegacji wiernych z diecezji toruńskiej. - informuje ks. kanonik Jan Kalinowski, proboszcz parafii i kustosz Sanktuarium.
Przy wsparciu i pomocy parafian udało się odrestaurować i przywrócić do dawnej świetności m.in. główny ołtarz z cudownym obrazem, barokowy feretron i XVII-wieczną drewnianą figurę biskupa Ludwika Andegaweńskiego. Ten ostatni zabytek był bardzo zniszczony i pokryty smołą. Znalazł go proboszcz na strychu świątyni, a teraz lśni on blaskiem po prawej stronie prezbiterium.
Maryja z koroną
(maj)

Ksiądz Kalinowski pokazuje odnowione feretrony i sztandary, ofiarowane kościołowi przed dziesiątkami lat przez wąbrzeskie cechy rzemieślnicze.
Najstarszym i zapewne najcenniejszym zabytkiem Wąbrzeźna jest kościół parafialny p.w. Św. Apostołów Szymona i Judy Tadeusza, będący wąbrzeską farą. Świątynia jest również Sanktuarium Maryjnym, a znajdujący się tam łaskami płynący obraz Matki Bożej Niepokalanie Poczętej zostanie ukoronowany 14 sierpnia br. koroną poświęconą przez papieża Jana Pawła II.