Ważnym etapem prac był również remont dachu - konieczny, by zapobiec regularnemu zalewaniu świątyni i powiększaniu się i tak już gigantycznych zacieków pokrywających sklepienie. W ramach prac naprawiono 3 tys. m kw. pokrycia dachu, co odpowiada powierzchni dachów 30 domów jednorodzinnych.

Po remoncie wieża - już bezpieczna i stabilna - została udostępniona zwiedzającym, którzy mogą podziwiać panoramę Starówki z wybudowanych w tym miejscu tarasów widokowych.

Prac konserwatorsko-restauratorskich na taką skalę do tej pory w toruńskiej katedrze nie było. Od 2001 r. udało się nie tylko wydobyć historyczne piękno sklepienia, ołtarzy czy fresków, ale także ocalić przed ruiną wieżę i dach kościoła oraz wyremontować elewację świątyni. Roboty pochłonęły kilkanaście milionów zł, pochodzących z rozmaitych źródeł: dotacji miasta, województwa, Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Unii Europejskiej i środków własnych parafii świętojańskiej.