W pomieszczeniu usytuowanym za ołtarzem głównym, pod zarwaną podłogą znalezione zostały szczątki ludzkie, zwierząt, a także fragmenty ceramiki i kilkanaście siedemnastowiecznych florenów. Wezwani na miejsce archeolodzy zaczęli badać znaleziska i wtedy okazało się, że poniżej podłogi jest zasypane ziemią pomieszczenie. Stopniowo je odkrywając, znaleźli również stare polichromie.
Odsłonili już dwa pomieszczenia, jedno o głębokości 1,4, a drugie 1,6 m. Na ich spodzie ułożona jest oryginalna gotycka posadzka.- Podejrzewaliśmy, że nie tylko w odkrytym miejscu mogą być podziemia - podkreśla ks. proboszcz Ireneusz Juszczyński. - Wskazuje na to znajdujący się w ścianie łuk. Można przypuszczać, że jest to wejście do krypty grobowej. Przeprowadzone zostały badania georadarem, które wskazują na szereg innych miejsc, gdzie są podziemne krypty. Niektóre z nich są zarwane, w innych widać pustą przestrzeń.
Również przy ołtarzu głównym odkryte zostały krypty grobowe.- Jeżeli szukamy miejsca pochówku Eufrozyny, matki Władysława Łokietka, to najprawdopodobniej jej szczątki są przy ołtarzu głównym - dodaje ks. proboszcz. - Im ktoś bardziej znaczący, tym bliżej ołtarza był chowany.
Pod klasztorem spoczęli nie tylko zakonnicy, ale i znamienici mieszczanie brzescy. Wiele wskazuje na to, że przy bocznym ołtarzu pochowany został Rafał z Leszna, wojewoda brzesko-kujawski. Taki wniosek się nasuwa, gdyż w tym miejscu zawieszony był jego herb.
